tag:blogger.com,1999:blog-29819065444484011822024-03-08T15:20:33.475-06:00Morfometría DescomplicadaPROTO-Manual de Morfometría Geométrica.
Unknownnoreply@blogger.comBlogger24125tag:blogger.com,1999:blog-2981906544448401182.post-37157442615960880962019-11-25T18:14:00.002-06:002020-04-14T14:21:56.906-05:00Uso de los Análisis de Variables Canónicas (CVA) en sistemática
Uso de los Análisis de Variables Canónicas (CVA)
Tomado de: De Luna, E. 2020. Integrando análisis morfométricos y filogenéticos: de la sistemática fenética a la morfometría filogenética. ACTA BOTANICA MEXICANA 127: e1640. PDF.
DOI: https://doi.org/10.21829/abm127.2020.1640
Los Análisis de Variables Canónicas de la varianza particionada por grupos (CVA) se usan Unknownnoreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-2981906544448401182.post-31992582996621884142019-09-13T12:33:00.004-05:002019-09-13T12:37:34.951-05:00Interpretaciones biologicas
Uso de hipotesis estadisticas para elaborar hipotesis biologicas.
Una vez establecidas y evaluadas la hipotesis estadisticas, queda ahora la tarea de "saltar" del espacio morfometrico de analisis al dominio biologico. Este tipo de analisis lógico trata de relacionar las conclusiones estadisticas con las alternativas de inferencias biologicas posibles (taxonomicas, funcionales, Unknownnoreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-2981906544448401182.post-84919465024023706692019-09-13T11:47:00.003-05:002019-09-13T12:32:44.959-05:00Analisis inferenciales
Modelos y generación de hipotesis estadisticas.
La ejecucion de un analisis estadistico es de hecho la aplicacion de algun modelo especifico al conjunto de datos en cuestion. Tal aplicacion consiste en el calculo de la dispersion y la estimacion de parametros (promedios y varianzas) en una dirección implícita en el modelo seleccionado. Estos calculos se realizan mediante programas deUnknownnoreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-2981906544448401182.post-74892955123729501882019-09-13T11:44:00.000-05:002019-09-13T11:49:05.891-05:00Analisis exploratorios
Analisis exploratorios.
Propiedades de la distribución y frecuencia de los datos.
Esto implica el uso de estadistica descriptiva en la busqueda de patrones de variación “normales” y la presencia de datos muy por fuera de la zona o rango de variación estimada según el modelo Normal (“outliers”). Las observaciones de cada muestra (nA, nB, etc) en cada variable se deben sumarizar en los Unknownnoreply@blogger.com2tag:blogger.com,1999:blog-2981906544448401182.post-71510436453652563602019-09-13T11:41:00.000-05:002019-09-19T11:22:30.885-05:00Matriz de datosEstructura de la matriz de distancias
Convencionalmente cada objeto o espécimen (Pn) es descrito por una colección de números arreglados en una hilera de la matriz de datos ("row vector"). Las columnas de la matriz son las variables (v), las cuales definen los ejes, el tipo de algún espacio geométrico y su dimensión. El numero de dimensiones "k" en principio es igual numero de Unknownnoreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-2981906544448401182.post-75732876870193544472019-09-13T11:08:00.005-05:002019-09-25T14:35:05.486-05:00Cuantos datos?
Diseño de muestreo
Una de las primeras preocupaciones en un proyecto de morfometria es la amplitud del muestreo. Esta puede visualizarse en dos direcciones: numero de observaciones por nivel (nA, nB, nC, etc) y numero de variables (p). Esto equivale a diseñar la estructura de una matriz de datos que permita los tipos de analisis que se pretenden realizar. Los requerimientos minimos de muestreo Unknownnoreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-2981906544448401182.post-8347990854999972792019-09-09T16:45:00.000-05:002019-09-13T11:41:45.730-05:00Tipos de PreguntasDefinición de la pregunta biológica y selección de la pregunta estadística.
La clase de pregunta biologica determina cual es la tecnica apropiada para responder a la pregunta estadistica subyacente. En este sentido la morfometria es la comparacion de promedios y la variacion relativa dentro y entre niveles.
Antes de escoger una tecnica estadistica, la pregunta basica es cuantos promedios por Unknownnoreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-2981906544448401182.post-9052672372217730632019-09-09T14:15:00.000-05:002019-09-17T16:47:16.245-05:00Morfometría y FilogeniaIntroducción.
En el contexto de la Sistemática, los métodos de la estadística y morfometría han provisto conjuntos de técnicas para describir y comparar cuantitativamente la variación morfológica de caracteres y de grupos taxonómicos (James & McCulloch 1990, Strauss 2010). Comúnmente los métodos estadísticos multivariados (PCA, Cluster analyses, Discriminant analyses) se han asociado con losUnknownnoreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-2981906544448401182.post-10824868816652343202019-09-04T14:26:00.003-05:002019-09-19T11:48:37.678-05:00Tamaño = magnitudEl tamaño de un objeto físico es una cantidad que mide la magnitud en alguna escala. En el contexto matemático y geométrico, el tamaño es una cantidad escalar.
Una cantidad escalar solo tiene "magnitud", no hay "dirección", como en el caso de una cantidad vectorial. Por ejemplo, el area de una superficie es una cantidad escalar. Si cada lado tiene 5 metros, el area del cuadrado es igual a 25 Unknownnoreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-2981906544448401182.post-13834767795098749832019-09-04T13:13:00.001-05:002019-09-19T14:06:36.295-05:00Deformación = desplazamientoGeométricamente, un vector es un segmento de recta con cierta longitud (magnitud) y orientado en una posición (dirección). La comparación de objetos o muestras en morfometria equivale a describir las magnitudes y posiciones relativas de los vectores correspondientes a cada muestra. Si cada objeto morfométrico lo representamos con una flecha, la comparación de dos objetos equivale a la medida del Unknownnoreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-2981906544448401182.post-37702348755773142942019-09-04T11:42:00.000-05:002019-09-10T14:06:15.425-05:00ProtocoloTipos de preguntas:
1. Cuantas formas diferentes hay en una colección [N] de objetos?
2. Las “entidades” (A, B, C) son diferentes en la forma (1, 2, 3)?
3. Cual es el cambio entre las formas (1-->2, 1-->3, 2-->3)?
Tres objetivos:
Hacer comparaciones de formas para
clasificar,
discriminar, o
detectar el cambio.
Tres métodos básicos:
1. Clasificar: métodos de Unknownnoreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-2981906544448401182.post-40659119158505983082019-08-23T14:50:00.000-05:002019-09-10T14:05:53.306-05:00Introducción
Introducción a la Morfometría
Por Sandra Ospina
La observación de las formas de los organismos en la naturaleza y el creciente interés de los primeros naturalistas por registrar la variación de las mismas ha permitido el desarrollo teórico de la biología comparativa (Adams, et al 2004). Las primeras clasificaciones de los organismos, animales y plantas, estuvieron basadas fundamentalmente en Unknownnoreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-2981906544448401182.post-17660515786912592902014-04-08T22:06:00.000-05:002015-01-02T16:02:21.693-06:00Relative warps a partir de coordenadas Procrustes y/o de las variables de deformacionEl calculo de los Relative Warps (RWs) comunmente se deriva a partir de la covarianza en los Principal Warps y Partial Warps como variables de la deformación. Pero tambien los RWs se pueden estimar a partir de las coordenadas Procrustes ajustadas.
La primera via es la mas usada pues es la unica solucion disponible en programas como tpsRelW, PCAGen, MorphoJ, etc. En estos programas la Unknownnoreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-2981906544448401182.post-36651899800911062072013-02-27T13:47:00.000-06:002019-09-09T11:18:54.701-05:00Geometría de los espacios morfométricosLos datos y las variables
La matriz de datos contiene los valores de los descriptores numéricos de la forma y tamaño (n hileras) expresados en función de un conjunto de variables (columnas).
Si las variables morfométricas son "distancias" entre marcas, la matriz representa una colección de vectores (row vectors) que configura una nube de objetos o puntos (N) en un espacio Euclidiano. Si las Unknownnoreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-2981906544448401182.post-21057132245477325552013-02-26T10:43:00.004-06:002019-09-04T10:53:52.848-05:00Warps = DeformaciónComo se mide la deformación?
La teoría subyacente a los métodos de la morfometría geométrica actual se basa en las propiedades matemáticas del espacio de la forma de Kendall (Bookstein 1996a; Rohlf 1999a; Rohlf 1999b; Rohlf 2000). En este espacio, los cambios de posición de cada punto en una configuración de coordenadas se consideran como "variables morfométricas de deformación" (warps). Unknownnoreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-2981906544448401182.post-25762223829654475822013-02-25T21:59:00.003-06:002019-09-13T13:00:00.557-05:00Una muestra (n) es un vectorEl concepto geométrico central es el tratamiento de un objeto o espécimen "n" como un vector o punto geométrico Pi
con cierta ubicación, dirección y magnitud. Podemos imaginar una flecha, con un extremo en el centro de una mesa (origen O), inclinada hacia la derecha (dirección del vector) y cuya punta esta a cierta longitud (magnitud del vector). Este vector se representa geométricamente como OPUnknownnoreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-2981906544448401182.post-62051677031012152172013-02-25T21:57:00.001-06:002019-09-19T16:53:36.732-05:00Que es la forma?La descripción
cuantitativa de la morfología requiere un conocimiento básico de geometría y
matemáticas. El formalismo matemático requerido para la descripción del
tamaño y la forma biológica se ha desarrollado gradualmente desde hace
unos treinta años, especialmente a partir de las contribuciones
teóricas y aplicaciones metodológicas simultáneas de Kendall (1977, 1981, 1984) y
Bookstein (Unknownnoreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-2981906544448401182.post-82824777581526686722013-02-25T13:41:00.002-06:002019-09-19T17:07:41.150-05:00Descripción numérica del tamaño y formaLos principales tipos de descriptores numéricos son las "distancias" entre puntos o marcas (longitudes y anchos) y las "coordenadas cartesianas" (2D, 3D) de esas mismas marcas.
Cuando los datos registrados son "distancias" entre marcas, una muestra
(Pi) esta definida por los valores de cada variable medida. La colección de números son
las coordenadas de un punto (Pi) e indican su ubicación en Unknownnoreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-2981906544448401182.post-73113374496003662742013-02-25T13:05:00.002-06:002019-09-13T12:17:10.353-05:00Que es la Morfometria?Morfometría es el estudio de la forma y tamaño
mediante el uso de descriptores cuantitativos. Incluye la metodología
para el registro numérico de la morfología mediante distancias
entre marcas, contornos o coordenadas de las marcas. Estos números permiten la aplicación de métodos matemáticos y estadísticos para el análisis de la variación en la forma y el tamaño.
Los distintos métodos Unknownnoreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-2981906544448401182.post-46701129122928040282011-02-08T12:57:00.004-06:002019-09-25T11:58:15.227-05:00Métodos estadísticosLa variación de las formas puede ser analizada con técnicas estadísticas multivariadas. Por ejemplo, Análisis de Componentes Principales para ordenar la variación, Análisis de Variables Canónicas para evaluar las diferencias entre los grupos a priori comparados y análisis de regresión para explorar la asociación entre los descriptores de las formas y el tamaño. Así mismo se pueden utilizar los Marcia Ramírezhttp://www.blogger.com/profile/07973400031312422998noreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-2981906544448401182.post-37888621310473100412011-02-03T12:58:00.020-06:002019-09-04T11:20:36.198-05:00ObjetivoLa morfología de los organismos varía a muchos niveles estructurales muy obvios durante la ontogenia, entre adultos, sexos, poblaciones, etc. Cotidianamente la variación de una estructura morfológica se estima mediante la descripción verbal de impresiones "gestalt". Por ejemplo, la descripción "hojas lanceoladas' funciona como un resumen de las observaciones acumuladas. Obviamente, la Unknownnoreply@blogger.com1tag:blogger.com,1999:blog-2981906544448401182.post-34463237252560108022011-02-02T14:27:00.007-06:002019-09-13T12:25:11.257-05:00PuntosTodos los métodos morfométricos se basan en la ubicación de puntos para registrar información de un objeto. Los métodos de la morfometría tradicional se basan en datos de medidas de la distancias lineares entre los puntos. Las coordenadas cartesianas de los mismos puntos son la base para los métodos de la morfometría geométrica.
Dos tipos de puntos: marcas y semimarcas.
Marcas
Las marcas son Unknownnoreply@blogger.com2tag:blogger.com,1999:blog-2981906544448401182.post-11478087454093751582011-01-31T19:06:00.006-06:002019-09-13T12:59:47.161-05:00Lista de referencias bibliograficas
Bookstein, F. L. 1978. The measurement of biological shape and shape change. Lecture Notes in Biomathematics. 24. Springer-Verlag, NY.
Bookstein, F. L. 1982. Foundations of morphometrics. Annual Review of Ecology and Systematics 13: 451-470.
Bookstein, F. L. 1984. A statistical method for biological shape comparisons. Journal of Theoretical Biology 107: 475-520.
Bookstein, F.L. 1991. Unknownnoreply@blogger.com1tag:blogger.com,1999:blog-2981906544448401182.post-84203400741690102282011-01-31T13:14:00.019-06:002019-09-13T12:01:53.435-05:00Indice de capitulosPresentación
Objetivo del manual
Estructura del contenido
Sección 1: Introducción, Protocolo y Definiciones.
Sección 2: Los datos y las variables, Ajustes y Comparación.
Sección 3: Los métodos estadísticos.
Sección 4: Aplicaciones. Estudios de caso.
Enfoque de cada capítulo: que es ... ? y como se hace ... ?
La meta es un manual con unos 15-20 capítulos muy cortos.
Los capítulos de la Unknownnoreply@blogger.com2